Фамилия Ватипко — редкий случай, когда прозвищная основа почти не поддаётся однозначному толкованию, зато сама модель образования даёт чёткую региональную привязку. Суффикс -ко в фамилиях — типичная черта украинской и белорусской ономастики, особенно характерная для Правобережной Украины, Полтавщины, Черниговщины и юго-западных областей Беларуси. Такие фамилии в прошлом часто принадлежали крестьянам и казакам, реже — мещанам; дворянских родов с этим суффиксом почти не встречается.

Сложность в корне. Первое, что приходит на ум, — диалектное «ватить» (валять, сбивать, скидывать) или «вато» (войлок, вата). В таком случае прозвище Ватипко мог получить валяльщик войлока или шерстобит — ремесленник, который изготавливал кошму, валенки, подкладки. Но это лишь одна из рабочих гипотез, и она упирается в то, что в украинских говорах «ватить» не зафиксировано как самостоятельное слово с таким значением.

Другая версия — отыменная. Ватипко могло быть производным от крестильного имени Ват (Ват, Ватий) — редкого варианта имени Варфоломей или, возможно, от греческого Ват (Βάττος) — «заика». В народной традиции такие имена часто усекали и добавляли суффикс -ипко/-ипка, но это уже область предположений: письменных источников по бытованию имени Ват в восточнославянской среде почти нет.

Третья, самая прозаичная, но и самая вероятная — фамилия возникла от прозвища по внешности или поведению. В украинских говорах есть слово «ватити» в значении «шататься, болтаться без дела» или «ватувати» — «медлить, мешкать». Отсюда «Ватипко» могло быть насмешливым прозвищем нерасторопного или праздного человека. Суффикс -ип- в этом случае выглядит как вторичное наращение (ср. фамилии Котипко, Грипипко — тоже редкие, но встречающиеся на Черниговщине).

Написание фамилии устойчивое: через «и», не «ы». Это тоже указывает на украинское происхождение, где в суффиксах после твёрдых согласных пишется «и», а не «ы» (ср. русское «Грибков» и украинское «Грибко»). В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться как «Ватипко» или «Ватіпко» — с «і» на украинский манер.

Однозначного ответа на вопрос «от какого слова?» у этимологов нет. Но ясно, что фамилия украинская или украинско-белорусская, связана с простонародной средой и, скорее всего, с прозвищем по занятию или характеру. Носители фамилии Ватипко — если их немного — могут считать себя наследниками либо ремесленников-войлочников, либо людей с метким деревенским прозвищем, которое со временем закрепилось за родом.