Фамилия Ватоян — одна из тех, что почти наверняка ведёт родословную из Закавказья. Её ядро — армянский корень, а суффикс «-ян» (в старой записи «-янц») означает принадлежность: «из рода такого-то» или «сын такого-то». Это одна из самых распространённых моделей армянских фамилий, и она сразу указывает на этническое происхождение.

Сложность в том, что основа «Ват» не имеет однозначного, единственного толкования в армянском языке. Самая прямая версия: от слова «ват» (վատ) — «плохой», «дурной», «злой». В средние века такое прозвище могли дать человеку с тяжёлым характером, сварливому или невезучему. В русской традиции есть похожие фамилии-прозвища (Злобин, Негодяев), и армянская модель здесь действует так же: прозвище отца закрепилось за детьми и потеряло первоначальную оценку.

Вторая версия, менее очевидная, но тоже возможная: «Ват» — это сокращённая или искажённая форма армянского имени. Например, от имени Ватэ (Вате, Վաթէ) или как вариант личного имени Ваан (с утратой звука «h» на стыке). В таком случае фамилия Ватоян означала бы «потомок Ватэ» или «принадлежащий Ватэ».

Третья версия связывает фамилию с топонимом. В Армении и историческом Западном Армении есть несколько сёл с корнем «Ват» (например, Ватшен, Ваткеан). Выходцы из таких мест получали фамилию по названию родного села. Но для этого нужна точная привязка к конкретному населённому пункту, которую без семейных архивов установить сложно.

Важно понимать: в отличие от русских фамилий, где суффикс «-ов/-ев» часто указывал на крестьянское или служилое сословие, армянский «-ян» был универсален. Он встречается и у княжеских родов (Аргутинские-Долгорукие — вариант Аргутян), и у ремесленников. Поэтому по одной только фамилии Ватоян нельзя определить, кем были предки — крестьянами, купцами или священниками. Социальный статус раскрывают только метрические книги и переписи конкретной семьи.

Из-за того, что корень короткий и омонимичный, фамилия могла возникнуть независимо в разных регионах Армении и даже у армянских диаспор. Это не редкость: фамилии на «-ян» с односложной основой часто имеют несколько очагов происхождения. Поэтому два разных рода Ватоянов могут не иметь общего предка в обозримом прошлом.