Фамилия Ватрубина образована от прозвища или нецерковного имени Ватруба. Основа здесь — слово «ватрушка», но не в современном кулинарном значении, а в его диалектном или старом бытовом смысле. В русских говорах «ватрубой» могли назвать не только выпечку, но и человека — круглолицего, полного, мягкого по характеру, возможно, даже несколько медлительного. Такая модель прозвищ по внешности или повадкам типична для русской ономастики: вспомните фамилии Пирожков, Блинников, Калачёв. Однако здесь не суффикс -ов/-ев, а -ин, что указывает на принадлежность: «сын Ватрубы» или «из семьи Ватрубы». Фамилия с этим корнем редкая и почти не встречается за пределами центральных и северных областей России, где слово «ватруха» или «ватруба» фиксировалось в диалектах как обозначение пышного, наливного пирога.

Словообразовательная модель проста: основа «ватруб-» плюс суффикс -ин. В XIX веке такие фамилии чаще всего получали крестьяне и мещане, у которых прозвище закреплялось в документах при переписях. В отличие от фамилий на -ский, которые указывали на дворянское или духовное происхождение, Ватрубина — типичная «бытовая» фамилия, возникшая в сельской среде. Спорных версий немного: иногда связывают с глаголом «ватрать» (пачкать, марать), но это менее убедительно, так как слово «ватрушка» широко распространено, а глагол — узколокальный.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По данным современных телефонных справочников и баз переписи, основная масса носителей сосредоточена в Кировской и Нижегородской областях, а также на Урале. Это совпадает с зоной бытования севернорусских говоров, где слово «ватруба» сохраняло активное употребление. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были крестьянами-хлебопашцами или ремесленниками, и прозвище им дали за внешность или манеру поведения — «круглый да румяный», как ватрушка. Фамилия не имеет дворянских корней и не упоминается в родословных книгах, что подтверждает её народное происхождение.