Фамилия Ватруба — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию без типичных фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это так называемая «застывшая» форма: человек с прозвищем Ватруба стал просто Ватрубой, и его дети унаследовали то же слово без изменений. Такая модель характерна для украинской и южнорусской традиции, где немало фамилий на -а, -о, -ий: Шевченко, Порохня, Кривоног.

Значение прозвища лежит на поверхности: «ватруба» — диалектное название выпечки с творожной начинкой, то же, что и ватрушка. Но в основе прозвища не обязательно кулинарный мотив. В русских говорах слово «ватруба» могло означать нечто круглое, полное, надутое — так могли прозвать человека с круглым лицом, плотной фигурой или, напротив, с «надутым», обидчивым характером. Не исключено и ироничное прозвище бедного человека, у которого «одна ватрушка на столе».

Географически фамилия Ватруба встречается в основном на западе и юге России — в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на востоке Украины. Это зона, где диалектное «ватруба» было привычным словом, а модель фамилий без суффикса — нормой.

В отличие от фамилий Ватрушкин или Ватрушников, где суффикс указывает на родство или профессию, Ватруба сохраняет исходное прозвище почти в неизменном виде. Это делает фамилию архаичной и ценной для ономастики: она показывает, как в языке закреплялись бытовые сравнения, не проходя через «облагораживающую» обработку суффиксами.