Фамилия Ватря — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русской ономастике она выделяется окончанием -ря, которое встречается реже, чем стандартные -ов или -ин. Чаще всего такие фамилии либо образованы от прозвища напрямую (без дополнительного суффикса), либо имеют украинские или белорусские корни, где окончание -я в фамилиях более привычно.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Ватря. Что оно могло означать? Первая и самая вероятная версия — связь с диалектным словом «ватра» (огонь, очаг). В юго-западных говорах (украинских, польских, словацких) «ватра» — это костёр или пламя в печи. Соответственно, Ватрей могли прозвать человека с огненным, горячим нравом, вспыльчивого, либо же того, кто работал у огня — кузнеца или печника. В этом случае фамилия — типичное прозвище по характеру или профессии, которое закрепилось за потомками без изменений.

Вторая версия, менее распространённая, отсылает к румынскому или молдавскому слову «vatră» (очаг, родина, родной дом). В Молдавии и на Буковине фамилия Ватря встречается чаще, чем в центральной России. Если предки носителя фамилии родом оттуда, прозвище могло означать «домосед» или «хозяин», то есть человек, крепко привязанный к своему дому.

Суффикса в привычном смысле (как -ов или -ин) у фамилии нет: окончание -я — это часть основы. Такая модель образования характерна для древних прозвищ, которые не «обрусели» и не получили стандартного русского оформления. Это делает фамилию Ватря ценной для историков языка — она сохранила исходную форму, по которой можно судить о диалекте или языке, из которого пришло прозвище.

Среди однокоренных фамилий можно назвать Ватрушкин, Ватраль, Ватрак. Если Ватрушкин явно связан с едой (ватрушка), то Ватря стоит особняком — его корень уходит в стихию огня и тепла.