Фамилия Вацанаев — редкий пример, где основа и суффикс принадлежат к разным языковым традициям, что сразу указывает на сложную этническую историю. Корень «Вацан» (или «Ваца») — отчетливо кавказского происхождения, скорее всего, чеченского или ингушского. В вайнахских языках «ваца» — это обращение «брат» или «двоюродный брат», а в более широком смысле — «родственник», «свой». Соответственно, прозвище Ваца мог получить человек, который приходился кому-то родней, или же так могли называть близкого друга, почти брата. Есть и другая версия: «ваца» может быть вариантом имени собственного или уменьшительной формой от какого-либо арабского имени, распространенного на Кавказе, но связь с термином родства выглядит убедительнее.

Суффикс же «-аев» — классический русский патронимический формант, адаптированный для передачи нерусских основ. Это типичная модель для фамилий, которые возникли в XIX — начале XX века, когда горцев Северного Кавказа начали массово записывать в метрические книги, и русские чиновники оформляли их отчества и прозвища по привычному шаблону: имя/прозвище + суффикс принадлежности. Так Ваца становился Вацанаевым — то есть «сыном Вацы» или «из рода Вацы». Похожим образом образованы многие осетинские, чеченские, дагестанские фамилии: Ахмедов, Магомедов, Вацанаев.

Географически фамилия Вацанаев почти наверняка привязана к Чечне или Ингушетии. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от названия конкретного тейпа (рода) или от прозвища основателя одной семьи, которая не разрослась в крупный клан. Носители такой фамилии, скорее всего, потомки горцев, которые в конце XIX века получили фамилию по имени или прозвищу деда. Сословной принадлежности угадать не получится — среди вайнахов четкого деления на дворян и крестьян не было, а фамилию мог получить любой свободный общинник.