Фамилия Ватта — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, и это сразу подсказывает, что корни у неё, скорее всего, нерусские. В русской ономастике фамилии с таким финалом почти не встречаются: суффиксы -ов, -ин, -ский здесь отсутствуют, а значит, перед нами либо застывшая форма прозвища, либо фамилия, принесённая из другого языка.

Самая вероятная версия — финно-угорское происхождение. В карельском, финском и вепсском языках слово «vatta» означает «живот» или «брюхо». Прозвище Ватта могли дать человеку с крупным телосложением или с заметным животом — по тому же принципу, по которому в русских говорах возникали фамилии Брюханов, Пузанов или Животов. Географически это логично: фамилия могла закрепиться на территории бывшей Олонецкой губернии, в Карелии или в Архангельской области, где финно-угорский субстрат силён. В таком случае фамилия образована без дополнительного суффикса — прозвище просто перешло в статус фамилии.

Есть и другая, менее очевидная версия — итальянская. Слово «vatta» в итальянском значит «вата». Фамилия Ватта могла возникнуть как профессиональное прозвище торговца или производителя ваты. Но в России эта версия маловероятна: итальянские фамилии в крестьянской среде практически не встречались, а в дворянской — оформлялись иначе. Если итальянец и оказывался в России, фамилию чаще русифицировали, добавляя окончание — так появились бы Ваттовы, а не Ватта.

Третья гипотеза — арабская или тюркская. В некоторых тюркских языках «ват» означает «родина» или «земля», но слово «ватта» в таком значении не фиксируется. Скорее всего, это случайное созвучие, и опираться на него без документальных подтверждений не стоит.

Фамилия Ватта — штучная, редкая. Её носители, скорее всего, происходят с северо-запада России, и предок получил прозвище по внешнему признаку. Других версий, подкреплённых серьёзными ономастическими источниками, на сегодня нет.