Скорее всего, фамилия Ватаева происходит от таджикского мужского имени Ватан, которое в переводе с арабского означает «родина». Видимо, на русской почве это имя приобрело форму Ватай, которая и послужила основой для фамилии. Менее вероятно, что фамилия Ватаева восходит к французскому слову bataille – «битва, сражение». В этом случае она может указывать на то, что основатель рода Ватаевых был воином. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ватаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.