Фамилия Ватаева, судя по всему, обязана своим происхождением мужскому имени Ватан, которое пришло в русский язык из таджикского, а корнями уходит в арабский язык. В переводе с арабского «ватан» означает «родина». На русской почве это имя, вероятно, приобрело форму Ватай — более привычную для местного произношения. Именно от неё и образовали фамилию при помощи типичного русского суффикса принадлежности -ев (в варианте -аев). Получается, что Ватаев — это буквально «сын Ватая» или «потомок Ватая».

Менее вероятная, но любопытная версия связывает фамилию с французским словом bataille — «битва, сражение». Если придерживаться этой гипотезы, то основатель рода мог получить прозвище, указывающее на его воинскую специальность или характер, но такое объяснение выглядит натянутым. Сложно объяснить, как французское слово, да ещё с начальным «б», превратилось в русскую фамилию на «в». Скорее всего, это случайное созвучие.

Сама фамилия Ватаева — женская форма от мужской Ватаев. Её модель образования — типичная для русских фамилий, где основа оканчивается на -ай: как, например, Лобачёв от Лобач или Каратаев от Каратай. География фамилии, судя по открытым данным, тяготеет к регионам с заметным татарским или среднеазиатским влиянием, что косвенно подтверждает версию о восточном корне.

Окончательно установить точное место и время возникновения рода Ватаевых, а также сословную принадлежность его основателя можно только в ходе углублённых генеалогических изысканий — работа с архивами и метрическими книгами даст ответы, которые остаются за рамками лингвистического анализа.