Фамилия Ватагина образована от прозвища Ватаг. В его основе лежит нарицательное «ватага» — «дружная толпа, шайка, артель». Такое прозвище мог получить как один из членов товарищества, так и его атаман, старшина. В одной из народных песен встречается строчка: «Ватаг молодой на коне вороном». Однако в курских говорах это слово имело и другое значение — «стадо овец, телят, мелкого скота, отара». Поэтому вполне вероятно, что основатель рода Ватагиных был пастухом. Потомок человека с прозвищем Ватаг со временем получил фамилию Ватагина.

Фамилия относится к распространённому типу на -ин, который в русской ономастике обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Ватагин, то есть сын или потомок Ватага. Модель образования простая и прозрачная, без редких суффиксов, что говорит о бытовом, а не книжном происхождении фамилии.

Среди наиболее известных однофамильцев — Василий Алексеевич Ватагин (1883–1969), советский скульптор и график, анималист; народный художник РСФСР (1964). Его творчество основано на глубоком знании природы животного и его повадок. В своих произведениях Ватагин стремился использовать пластические возможности материала. Среди его работ — «Моржи» (дерево, 1909), «Тигр» (бронза, 1925–1926), «Пингвин с птенцом» (дерево, 1960) и другие.