Фамилия Ватажина — женская форма, мужской вариант — Ватажин. Её основа, скорее всего, связана со словом «ватага». В древнерусском языке «ватага» означала «шайка, толпа, артель», а в промысловых регионах (особенно на Севере и Волге) — «рыболовецкая артель» или «группа людей, идущих на промысел». Отсюда прозвище Ватага могли дать либо задиристому, шумному человеку, либо, наоборот, атаману рыболовецкой артели — тому, кто собирал людей в общее дело.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ватажин — «сын Ватаги» или «человек из рода Ватаги». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, оканчивающихся на -а. Интересно, что в рязанских и вологодских говорах «ватага» имела и более узкое значение — «толпа ребятишек», так что прозвище могло закрепиться за многодетным отцом или за тем, кто водился с большим количеством детей.

Встречается также версия, что корень связан с тюркским «ватах» (местность, участок) или с диалектным «ватажить» (шуметь, буянить), но она менее убедительна: географическая привязка фамилии к северным и волжским областям говорит в пользу именно русского промыслового значения. В писцовых книгах XVI–XVII веков нередко упоминаются крестьяне и посадские с прозвищем Ватага — например, в Двинском уезде и на Вятке.

С географией написания стоит учесть, что фамилия Ватажин (Ватажина) встречается в основном в центральной России и Поволжье, где был развит отхожий промысел на рыбу. Встречаются и однокоренные фамилии: Ватагин, Ватажников, но Ватажин отличается суффиксом -жин, который мог возникнуть из-за чередования г/ж в основе (ватага → ватажин). Это чередование естественно для русского языка, поэтому фамилия звучит как «принадлежащий Ватаге».

Сословно предки Ватажиных, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам — фамилия не дворянская и не купеческая, хотя отдельные представители могли выбиться в люди. В целом, фамилия Ватажина — это память о предке, которого знали за его связь с артелью: либо он был её заводилой, либо просто жил в окружении большой «ватаги» людей.