Фамилия Ватажко — яркий пример украинской модели образования фамилий, которая редко встречается в русской среде. Её основа — слово «ватага», но смысл здесь не тот, что в современном русском языке. В украинских и южнорусских говорах «ватаг» (или «ватажок») — это не просто толпа, а предводитель, старший в артели, руководитель рыболовецкой или пастушеской группы. В гуцульском регионе «ватаг» — это главный пастух на полонине, который отвечал за отару и людей. Таким образом, предок носителя фамилии был, скорее всего, человеком, который управлял коллективным трудом: возглавлял рыбаков на Дону или Днепре, пастухов в Карпатах или сезонных рабочих.

Суффикс «-ко» — типичный уменьшительно-ласкательный или патронимический для украинских фамилий (ср. Шевченко, Ковалько). Ватажко буквально означает «маленький ватаг» или «сын ватага». В отличие от русских фамилий на «-ов/-ев» (Ватагов), украинская модель на «-ко» часто указывала на более молодого, младшего члена семьи или на прозвище, закрепившееся за человеком. Интересно, что фамилия могла возникнуть и как прозвище бойкого, командного человека — того, кто любил «ватажить», то есть собирать вокруг себя людей и руководить.

Географически фамилия Ватажко тяготеет к западным и центральным областям Украины, особенно к Прикарпатью и Закарпатью, где слово «ватаг» сохранило своё первоначальное пастушеское значение. В России она встречается редко и чаще всего — у потомков переселенцев с Украины. В сословном плане носители фамилии относились к казачеству или крестьянству, реже — к мещанству, поскольку «ватаги» были людьми свободных профессий, не привязанными к барской земле.

В ономастике существует и альтернативная, менее правдоподобная версия: связь с тюркским «ватага» в значении «стан, стойбище». Но для славянской фамилии с уменьшительным суффиксом эта гипотеза слаба — прозвище от места стоянки давали бы по-другому (например, Ватагин). Поэтому основная и наиболее обоснованная версия — через профессию и лидерскую роль предка.