Фамилия Ватаго — редкий случай, когда основа прозвища почти не изменилась за столетия. В ней нет суффикса -ов, -ин или -ский, которые обычно «пришивали» фамилию к роду. Перед нами застывшая форма древнерусского прозвища или, что вероятнее, южнорусского и украинского слова.

Корень «ватаг-» напрямую связан со словом «ватага». В диалектах русского языка, особенно в южных и казачьих областях, ватагой называли артель, шайку, отряд, а также толпу или ватагу детей. Прозвище Ватаго мог получить человек, который водил ватагу — атаман, старший в артели, предводитель рыболовецкой или бурлацкой ватаги. На Дону и Кубани так могли прозвать бойкого, шумного вожака, вокруг которого всегда собирался народ.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но лингвистически обоснованная. В украинском языке «ватаг» — это пастух, старший чабан, который пасёт отару овец. Фамилия Ватаго могла закрепиться за человеком, чьим ремеслом было овцеводство, или за тем, кто руководил выпасом скота в степи. Такая модель образования фамилий (прозвище по профессии без добавления суффикса) характерна для украинской и польской ономастики, где фамилии на -о особенно часты: Дорошенко, Левченко, а также более старые формы вроде Ватаго или Сірко.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России, а также к Украине. Встречается она редко, и это подсказывает, что родоначальник был заметной фигурой в своей общине — либо атаманом, либо главным пастухом. Фамилия не переосмысливалась в дворянскую или семинарскую, осталась народной, прямой, без канцелярских накруток.