Фамилия Ватагин — из числа тех, что образованы от прозвища, а не от крестильного имени. В основе лежит слово «ватага», но у него не одно, а два совершенно разных бытовых значения, и от этого раздвоения зависит, кем мог быть первый Ватагин.

В литературном русском языке ватага — это дружная толпа, артель или даже шайка. Прозвище Ватаг могли дать либо атаману такой ватаги, её заводиле, либо просто человеку, который постоянно ходил в составе артели — бурлацкой, рыболовецкой, разбойничьей. В народных песнях действительно встречается образ «ватага молодого», то есть удалого предводителя.

Однако в курских и шире — южнорусских говорах слово «ватага» значило совсем другое: стадо мелкого скота, отару овец или телят. Соответственно, Ватагом в тех местах могли прозвать пастуха. Эта версия не менее правдоподобна, чем «атаманская», и для неё не нужно искать героического подтекста: пастушеское прозвище было понятным и естественным для сельской среды.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Ватаг- добавлен суффикс принадлежности -ин, указывающий на «сына Ватага» или «человека из рода Ватага». В северных и центральных областях чаще встречался бы вариант Ватагов (от прозвища на -о), но форма на -ин характерна именно для южных территорий, что косвенно поддерживает пастушескую версию.

Среди известных носителей — Василий Алексеевич Ватагин (1883–1969), советский скульптор и график, народный художник РСФСР. Он был анималистом, то есть изображал животных, и в этом можно увидеть неожиданное созвучие с «пастушеским» корнем своей фамилии. Его работы — «Моржи» (дерево, 1909), «Тигр» (бронза, 1925–1926), «Пингвин с птенцом» (дерево, 1960) — построены на точном знании повадок зверей и пластических возможностях материала.

Таким образом, фамилия Ватагин не имеет единственного «правильного» толкования: она могла возникнуть и у артельного атамана, и у пастуха. Оба варианта реальны, и выбор между ними зависит от того, в какой губернии жили предки конкретного рода.