Фамилия Ватагины отталкивается от прозвища Ватаг, которое в свою очередь связано со словом «ватага». В русском языке у этого слова несколько значений, и каждое могло дать начало фамилии. Самое распространённое — «дружная толпа, шайка, артель». Прозвище Ватаг могли дать либо атаману такой группы, либо её рядовому участнику. В народных песнях встречается образ «ватага молодого», что подтверждает бытование этого прозвища.

Однако есть и другая версия, основанная на курских говорах. Там «ватагой» называли стадо овец, телят или мелкого скота, то есть отару. Если принять эту версию, прозвище Ватаг мог получить пастух. Оба объяснения одинаково правдоподобны: фамилия могла возникнуть в разных регионах независимо, от разных занятий предка.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Ватагин, то есть сын или потомок Ватага. Это одна из самых распространённых моделей в русской ономастике, наряду с -ов/-ев.

Среди известных носителей — Василий Алексеевич Ватагин (1883–1969), советский скульптор-анималист и график, народный художник РСФСР. Его работы, такие как «Моржи» (дерево, 1909), «Тигр» (бронза, 1925–26) и «Пингвин с птенцом» (дерево, 1960), построены на глубоком знании анатомии и повадок животных. Ватагин стремился максимально использовать пластические возможности материала, будь то дерево или бронза.

Точно определить, где и когда впервые появилась фамилия Ватагины, сейчас сложно: процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий. Но ясно одно — в основе лежит живое, образное прозвище, которое могло принадлежать и предводителю ватаги, и пастуху.