Фамилия Вачагины образована от прозвища или нецерковного имени Вачага. В основе этого слова лежит древнерусский глагол «вачати» — начинать, затевать, предпринимать. Соответственно, Вачагой могли назвать зачинателя, инициатора, человека, который первым брался за какое-либо дело, или же заводилу, склонного к спорам и тяжбам. В говорах слово «вачага» фиксировалось и в значении «спорщик, задира», что подтверждает такую версию происхождения.

Фамилия относится к типичной русской модели на -ин, указывающей на принадлежность: Вачагин — сын или потомок Вачаги. Эта модель преобладала на севере и в центральных областях России, что даёт косвенную привязку к ареалу бытования фамилии. Встречается она преимущественно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — регионах, где хорошо сохранилась древняя новгородская лексика.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским корнем «вача» — маленький, младший. В этом случае прозвище Вачага могли дать младшему сыну или невысокому человеку. Однако русская огласовка и суффикс -ин указывают на славянскую основу как на более естественную.

В сословном отношении Вачагины не принадлежали к аристократии: это фамилия крестьян, ремесленников или посадских людей. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно встретить упоминания крестьян Вачагиных в Заволочье и на Ваге. Сравните с другими фамилиями от того же корня: Вачаев, Вачагов — они встречаются реже и имеют иную географию. Таким образом, фамилия Вачагины — это указание на деятельного, сметливого предка, «зачинателя» своего рода.