Фамилия Вачегины образована от прозвища Вачега. В старину вачегой в некоторых говорах называли рукавицу — вязаную шерстяную (варегу) или суконную. Иногда у такой рукавицы внутренняя часть была суконной, а верх кожаный. Вачегой называли и рабочую варежку. Прозвище могли дать человеку, который изготавливал такие рукавицы, так что фамилия прямо указывает на профессию предка.

На Руси рукавицы известны с XIII века, они были обязательной принадлежностью крестьянской одежды. Варежки делились на мужские и женские: женские — миниатюрнее, наряднее, многоцветнее; мужские — попроще, вязались без резинки, чтобы удобнее было работать и легко скинуть с руки. Существовал старинный обычай: перед свадьбой невеста одаривала семью жениха узорными чулками и рукавицами, причём все изделия должны были быть с разными орнаментами — так девушка демонстрировала своё мастерство. Прозвище Вачега закреплялось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вачегин — из семьи Вачеги, то есть потомок того, кого звали Вачега. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или названий ремёсел. Однокоренные фамилии встречаются редко, что делает Вачегиных интересным ономастическим случаем: основа не общеупотребительная, а диалектная, и в разных регионах могла звучать по-своему.

Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований — процесс формирования каждой отдельной фамилии был длительным и не всегда имел привязку только к одной местности.