Фамилия Вачекина — женская форма, а её мужской вариант — Вачекин. Это типичная русская фамилия, образованная с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Вачекин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Вачека.

Основа фамилии — прозвище или некалендарное имя Вачека. Его происхождение неочевидно, и здесь есть несколько версий, из которых одна наиболее вероятна. Скорее всего, Вачека — это диалектная или уменьшительно-пренебрежительная форма от имени Вася (Василий). В русских говорах, особенно северных и вологодских, было распространено стяжение и замена звуков: «Вася» могло превратиться в «Вача», а от него через суффикс -ек- (с чередованием ч/к) получилось «Вачека». Такой путь словообразования характерен для прозвищ и домашних имён: например, от «Ваня» — Ванека, от «Петя» — Петека. Таким образом, первый носитель фамилии Вачекин был, вероятно, человеком по имени Василий, которого в быту звали Вачекой.

Менее убедительная, но возможная версия связывает фамилию с глаголом «вачкать» — пачкать, марать, или с существительным «вачка» — грязь, нечистота. В этом случае Вачека — прозвище неопрятного человека. Однако эта гипотеза слабее, так как фамилии от подобных корней (например, Вачкин) встречаются реже и обычно имеют более прозрачную негативную окраску, а форма с суффиксом -ек- для прозвищ от глаголов нехарактерна.

Географически фамилия Вачекина встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. В этих местах традиционно бытовали диалектные формы имён, и прозвище Вачека могло быть вполне обычным. Сословно носители фамилии относились к крестьянам или посадским людям — фамилии на -ин у крестьян закрепились позже, в XVIII–XIX веках, и часто отражали обиходное имя отца.

В написании фамилии возможна путаница: иногда её путают с фамилией Вачекин (с ударением на второй слог) или с более редкой Вачкина, но исходная форма именно через «е» — Вачекина. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Ваче́кина, что соответствует модели от имён с ударным суффиксом -ек-.

Таким образом, фамилия Вачекина — это память о предке, которого в домашнем кругу звали ласково или пренебрежительно Вачекой, и это имя было вариантом канонического Василия.