Фамилия Ватуев образована от имени Ватуй — уменьшительной формы редкого крестильного имени Савватий. В переводе с еврейского Савватий означает «субботний, родившийся в субботу». Форма Ватуй возникла в результате цепочки модификаций: Савватий – Саватий – Ватий – Ватуй. Такой путь сокращения имени — не единичный случай в русской ономастике: от полных церковных форм отсекали первый слог или часть корня, а затем добавляли уменьшительный суффикс, чтобы получить обиходное, домашнее имя.

В истории православия известно три святых покровителя имени Савватий. Наиболее известен из них Савватий Соловецкий — преподобный Русской церкви, один из основателей Соловецкого монастыря. Он принял постриг в Кирилло-Белозерском монастыре, но, услышав, что на острове Валааме иноки ведут более строгую жизнь, перебрался туда. Позднее Савватий ушел из Валаамского монастыря и поселился на никем не населенном острове в двух днях плавания от берега в Белом море. Там он водрузил крест и поставил келью. Постепенно, уже после смерти Савватия, на острове поселились другие отшельники — так возник Соловецкий монастырь. Таким образом, фамилия Ватуев восходит к имени человека, чей небесный покровитель — один из самых почитаемых северных святых.

С точки зрения словообразования, фамилия Ватуев относится к патронимической модели на -ев, самой распространенной в русском языке. Она отвечает на вопрос «чей?» и означает «потомок Ватуя». Суффикс -ев, а не -ов, появился из-за мягкого согласного в основе имени. Географически фамилия Ватуев тяготеет к северным и центральным регионам России, что косвенно подтверждает ее связь с соловецкой традицией — именно на Русском Севере имя Савватий и его производные были особенно популярны.