Фамилия Ватуев — один из примеров того, как редкое крестильное имя превратилось в устойчивое родовое прозвание. В её основе лежит имя Ватуй, которое лингвисты выводят из церковного имени Савватий, означающего в переводе с древнееврейского «субботний», то есть родившийся в субботу. Цепочка преобразований выглядит так: Савватий — Саватий — Ватий — Ватуй. Усечение начального слога и замена окончания — типичные для народной, бытовой речи приёмы, которые и дали жизнь этой фамилии.

Имя Савватий в православной традиции связано с несколькими святыми, самый известный из которых — преподобный Савватий Соловецкий. Он принял постриг в Кирилло-Белозерском монастыре, затем перебрался на Валаам, а оттуда ушёл на пустынный остров в Белом море, где водрузил крест и поставил келью. После его смерти на этом месте возник Соловецкий монастырь. Потомок человека, которого в быту звали Ватуем, со временем получил фамилию Ватуев.

Фамилия образована по самой распространённой русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный (в данном случае — к [й]). Такой способ указывал на принадлежность: Ватуев буквально значит «сын Ватуя» или «из рода Ватуя». Точное время и место возникновения фамилии установить сложно — процесс становления родовых имён шёл несколько столетий и в разных регионах неодинаково. Однако словообразовательная цепочка и связь с редкой формой канонического имени делают фамилию Ватуев характерным памятником русской антропонимики, где за каждым суффиксом стоит живая история переосмысления церковных имён в повседневной речи.