Фамилия Ватуева образована от имени Ватуй — уменьшительной формы редкого крестильного имени Савватий. В переводе с еврейского языка Савватий означает «субботний, родившийся в субботу». Форма Ватуй возникла в результате цепочки модификаций: Савватий → Саватий → Ватий → Ватуй. Такое сокращение — не редкость в русской народной среде, где длинные церковные имена упрощали для повседневного обихода.

История имени Савватий тесно связана с северным монашеством. Наиболее известный святой покровитель — Савватий Соловецкий, преподобный Русской церкви и основатель Соловецкого монастыря. Он принял постриг в Кирилло-Белозерском монастыре, но, услышав о более строгой жизни иноков на Валааме, перебрался туда. Позднее Савватий ушел из Валаамского монастыря и поселился на пустынном острове в Белом море, в двух днях плавания от берега. Там он водрузил крест и поставил келью. После его смерти на острове поселились другие отшельники, и со временем возник Соловецкий монастырь.

Сама фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Ватуй добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность. В прямом значении Ватуев — «сын Ватуя», «потомок человека по имени Ватуй». Поскольку имя Савватий было редким, фамилия Ватуева встречается нечасто и сохраняет связь с древним церковным корнем, уходящим в библейскую традицию.