Фамилия Ватунская образована от прозвища Ватунский, которое восходит к географическому названию Ватунь или Ватуня. Села и деревни с такими названиями встречаются на территории России и Украины. Соответственно, выходец из местности с подобным названием получил прозвище Ватунский. Вероятно, указанные названия произошли от имени бывшего владельца этих деревень или сел, звучавшего как Ватуня. В свою очередь именование Ватуня является уменьшительной формой редкого крестильного имени Савватий. В переводе с еврейского языка оно означает «субботний, родившийся в субботу». Форма Ватуня возникла в результате ряда модификаций этого имени Савватий: Савватий – Саватий – Ватий – Ватя – Ватуня. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Ватунский, со временем получил фамилию Ватунская.