Фамилия Ватунская (и её мужская форма Ватунский) относится к группе фамилий, образованных от географических названий. В основе лежит прозвище, которое давали человеку, переселившемуся из местности с названием Ватунь или Ватуня. Такие топонимы встречаются на территории России и Украины, и выходец оттуда получал прозвище по месту прежнего жительства.

Интересна цепочка происхождения самого названия. Скорее всего, Ватуня — это уменьшительная форма редкого крестильного имени Савватий. В переводе с древнееврейского Савватий означает «субботний» или «родившийся в субботу». Как из Савватия получилась Ватуня? Языковой механизм тут такой: Савватий → Саватий → Ватий → Ватя → Ватуня. Каждое звено — это естественное упрощение и сокращение имени в устной речи. Именование Ватуня могло принадлежать владельцу села или деревни, от которого затем и пошло название населённого пункта.

Таким образом, фамилия Ватунский указывает на предка, который либо носил имя Ватуня (в церковной форме Савватий), либо происходил из местности, названной по этому имени. Суффикс -ский типичен для фамилий, образованных от топонимов, и в XVIII–XIX веках часто встречался у духовенства и дворянства, но мог закрепиться и у крестьян, переселившихся из другой волости.

Если рассматривать фамилию в контексте однокоренных, то стоит заметить, что вариант Ватунский — не единственный. Встречаются также Ватутин, Ватунин и просто Ватуня. Все они восходят к той же основе, но различаются по модели образования: -ин и -ин указывают на принадлежность («чей?»), а -ский — на происхождение («откуда?»).