Фамилия Ватунские — один из тех случаев, когда за основу взято не имя и не ремесло, а географическое название. В своей основе она восходит к прозвищу Ватунский, которое давали выходцу из местности с названием Ватунь или Ватуня. Такие топонимы встречаются на территории России и Украины, и именно от них, по наиболее вероятной версии, и пошла фамилия. Суффикс -ский в данном случае — классический указатель на принадлежность к месту: «тот, кто родом из Ватуни».

Сложнее обстоит дело с происхождением самого названия Ватуня. Здесь прослеживается неожиданная цепочка. Исследователи предполагают, что в основе лежит не славянский корень, а редкое крестильное имя Савватий, которое в переводе с древнееврейского означает «субботний» или «родившийся в субботу». От полного Савватий в разговорной речи пошли сокращения: Саватий, затем — Ватий, Ватя и, наконец, Ватуня. Так имя святого превратилось сначала в прозвище, а затем и в название деревни, владельцем которой, вероятно, был человек по имени Ватуня (Савватий).

Форма фамилии — Ватунские (во множественном числе) — указывает на то, что перед нами не просто родовая фамилия одного человека, а фамилия целой семьи или династии, закрепившаяся в документах именно в такой форме. В русской ономастике фамилии на -ские часто встречаются у дворянства и духовенства, но могли возникать и у простых крестьян, переселившихся из одного села в другое. Ватунские — это не фамилия одного человека, а родовое именование, которое носили все члены семьи, происходящей из одного места.