Фамилия Вавакин образована от прозвища или нецерковного имени Вавака. В основе, скорее всего, лежит глагол «вавать» — в ряде говоров так называли вяканье, пустую болтовню или плач. Соответственно, Вавакой могли прозвать капризного ребёнка, плаксу или, наоборот, болтливого, надоедливого человека. Менее вероятна связь с диалектным «вава» — так в некоторых областях называли дядю, старшего родственника, но эта версия слабее, так как прозвища от родственных терминов обычно образуются иначе.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вавакин буквально означает «сын Ваваки» или «человек из рода Ваваки». Это типичная модель русских фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я (ср. Пушкин, Репин, Кузьмин). В отличие от фамилий на -ов, которые чаще крепились к основам на твёрдый согласный, -ин — характерный патронимический суффик для основ на -а, -я.

Фамилия редкая и географически привязана к центральным и северным областям России. Встречается в старых переписях Вологодской, Костромской и Нижегородской губерний. Это косвенно подтверждает версию о севернорусском происхождении: именно в этих краях были распространены прозвища от глаголов, описывающих звуки и манеру речи.

В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не упоминается, что говорит о её локальном бытовании и невысокой частотности. Сословная принадлежность неясна: носители могли быть как крестьянами, так и посадскими людьми, но точно не дворянами — фамилия не фиксируется в родословных книгах.