Фамилия Ваванин — одна из тех, где сразу бросается в глаза редкий суффикс. В русских фамилиях чаще встречается -ов/-ев или -ин, а здесь — -анин. Этот суффикс указывает на принадлежность к месту: он образует названия жителей (например, «рязанин» — житель Рязани). В фамилиях он тоже работает как указатель на выходца из определённой местности, но не всегда очевидной. Ваванин — это «сын Вавана» или «человек из рода Вавана», где Ваван — это, скорее всего, прозвище или уменьшительная форма имени.

Основа «Ваван» могла возникнуть двумя путями. Первый — от канонического имени Варлаам или Варнава через народное сокращение. В разговорной речи длинные церковные имена часто усекали до двух-трёх слогов: Варлам превращался в Ваву, а оттуда — в Вавана. Второй вариант — от глагола «ваванить» в одном из диалектных значений. В северных говорах, особенно в Архангельской и Вологодской областях, «ваванить» означало «медлить, копаться, делать что-то вяло». Человека с такой привычкой могли прозвать Ваваном, а его потомков — Ваваниными.

Суффикс -анин не характерен для центральных областей России. Он распространён в северных и северо-восточных регионах, а также в Поволжье. Поэтому географически фамилия Ваванин с большой вероятностью привязана к Русскому Северу. В отличие от фамилий на -ов, которые встречаются повсеместно, Ваванин — маркер конкретной диалектной зоны. По той же модели образованы фамилии Дружинин, Бородин, но с другим суффиксом; аналог по суффиксу — фамилии типа Полетанин, Грушанин, хотя они встречаются реже.

С точки зрения словообразования, это отпрозвищная фамилия, а не от крестильного имени в полной форме. Если бы её образовали от полного имени Варлаам, мы бы получили Варлаамов или Варламов. Ваванин — более народный, бытовой вариант, который закрепился в крестьянской среде. В документах XVI–XVII веков, по данным исследователя С. Б. Веселовского, встречаются прозвища Вава и Ваван, но без привязки к конкретным уездам.

Сословно фамилия не несёт следов дворянства или духовенства: суффикс -анин в фамилиях почти всегда указывает на крестьянское или посадское происхождение. Не стоит искать в ней аристократических корней — это фамилия простого человека, которого когда-то выделили по месту жительства или по прозвищу.