Фамилия Ваваев — один из примеров того, как церковное имя превращалось в бытовое, а затем закреплялось в роду. В основе лежит мужское крестильное имя Вавила. В переводе с арамейского оно означает «ворота Бога» или «житель Вавилона». Покровителем считается святой великомученик Вавила, епископ Антиохийский, ревностный последователь христианства.

В народной речи имя Вавила сократили до простого и удобного Вавай. Такая форма — не редкость: язык часто усекает длинные имена, особенно в быту, где важна скорость произношения. От имени Вавай по стандартной модели с суффиксом -ев и образовалась фамилия Ваваев. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Вавая» или «из рода Вавая».

О точном месте и времени появления фамилии сейчас говорить сложно — процесс формирования русских фамилий был длительным и шёл неравномерно в разных слоях населения. Однако сам факт, что фамилия сохранила народную, а не книжную форму имени, говорит о её давнем бытовании в крестьянской или посадской среде, где реже обращались к полному церковному варианту.

Редкость фамилии Ваваевы делает её особенно интересной для этимолога. В отличие от массовых фамилий вроде Ивановых или Петровых, эта сохранила живую разговорную форму, которая почти не встречается в письменных источниках XVII–XVIII веков.