Фамилия Вавдиюк звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Её выдает суффикс -юк, который в украинской ономастике (и отчасти в белорусской и польской) играет ту же роль, что и русские -ов/-ев или -ин: он указывает на «сына» или «потомка». То есть Вавдиюк — это «сын Вавдия».

Корень фамилии — имя Вавдий. Это, в свою очередь, народная, разговорная форма канонического крестильного имени Вавила. Имя Вавила в святцах встречается (святой Вавила Антиохийский), но в быту оно было редким и неудобным для произношения. В украинской и белорусской среде его переделали в более привычное Вавдий, отбросив конечный слог. По той же модели из имени Вавила получились фамилии Вавдич, Вавделюк, Вавдик и, конечно, Вавдиюк.

Таким образом, основатель рода Вавдиюков по документам мог числиться как Вавдий, а его дети уже стали Вавдиюками. Географически фамилия тяготеет к западноукраинским землям — Волыни, Подолью, Галичине. В этих регионах суффикс -юк особенно распространен, и именно там чаще всего в метрических книгах встречались крестьяне с именем Вавдий. Сословно это, скорее всего, крестьянский или казацкий род: в Речи Посполитой, а затем в Российской империи фамилии с таким суффиксом редко носили дворяне.

Примечательно, что имя Вавила в народе иногда связывали со словом «вавилоны» (запутанные узоры, лабиринты) или с глаголом «вавить» (в некоторых говорах — говорить путано, сбивчиво). Но это народная этимология, не имеющая отношения к реальному происхождению: имя церковное, греческое, от семитского корня со значением «ворота Бога». В фамилии Вавдиюк ничего «вавилонского» нет — просто крестьянский сын, которого в церковной записи записали как Вавдий, а потомки пошли по отцу.