Фамилия Вавилкины — типичный пример русской фамилии, образованной от имени. В её основе лежит имя Вавилка, которое в народе давали как уменьшительно-ласкательную форму церковного имени Вавила. Такая модель — от полного крестильного имени через его разговорный вариант — одна из самых распространённых в русской ономастике. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вавилкин буквально означал «сын Вавилки» или «человек из семьи Вавилки».

Имя Вавила пришло на Русь вместе с христианством. В переводе с арамейского его трактуют двояко: «ворота Бога» или «житель Вавилона». Второе значение напоминает о библейском Вавилоне, но в народном сознании имя закрепилось прежде всего благодаря святому — великомученику Вавиле, епископу Антиохийскому. Он почитался как ревностный защитник веры, и его имя давали детям в честь святого покровителя.

Форма Вавилка — характерный пример того, как длинные и торжественные церковные имена «обкатывались» в быту. Уменьшительный суффикс -к- делал имя более простым и домашним. От таких обиходных имён и пошли фамилии на -ин: Вавилкин, Данилкин, Петькин, Федькин. Стоит заметить, что фамилия встречается в двух написаниях: через «а» (Вавилкин) и через «и» (Вивилкин). Второй вариант — результат аканья, то есть произношения безударного «а» как «и», что позже закрепилось на письме. Оба написания восходят к одному корню.

Точное время и место возникновения фамилии Вавилкины установить сложно: фамилии у крестьян и мещан в центральной России оформлялись в основном в XVIII–XIX веках, и процесс этот шёл неравномерно. Однако ясно, что перед нами не прозвище по профессии или внешности, а именно «отчество» в чистом виде — фамилия, рассказывающая о предке по имени.