Фамилия Вавохина — женская форма фамилии Вавохин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Вавоха. Чтобы понять корень, нужно отбросить типичный русский фамильный суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Вавохи). Основа — Вавох — представляет собой разговорный вариант древнерусского имени Вавила.

Имя Вавила — это народная форма канонического церковного имени Вавила, которое восходит к греческому Вабилас (возможно, от семитского «баб-иль» — «врата бога»). В русской традиции это имя было нередким среди крестьян и посадских людей, но в быту оно часто сокращалось и «перекраивалось» на лад: отсюда формы Вава, Вавик, Вавоха. Суффикс -ох- в имени Вавоха — характерный для северных и северо-восточных русских говоров (например, в архангельских и вятских диалектах), где так образовывали уменьшительные или обиходные варианты имён.

Таким образом, фамилия Вавохин (и Вавохина) буквально означает «потомок того, кого звали Вавоха», то есть человека по имени Вавила. Географически фамилия тяготеет к Вятке и Пермскому краю — по данным переписей XIX века, носители фамилии Вавохины чаще всего встречались в Слободском и Глазовском уездах Вятской губернии. Это объяснимо: именно в этих краях имя Вавила было особенно популярно, а местная диалектная фонетика превратила его в Вавоху.

Есть и менее вероятная версия: связь с глаголом «вавать» — в некоторых говорах так называли ворчать или говорить невнятно. Тогда прозвище Вавоха мог получить ворчливый или неразборчиво бормочущий человек. Однако в пользу именинной версии говорит то, что фамилия образована по модели отчества (с суффиксом -ин), а не от прозвища с типичным суффиксом -их-/-ых, который обычно закреплялся за семейными прозвищами.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение: в большинстве случаев оно падает на второй слог — Ваво́хина. Это тоже указывает на вятско-пермское происхождение, где ударение в подобных фамилиях смещалось с корня на суффикс.