Фамилия Вайчекаускас звучит для русского уха непривычно, но для литовского — совершенно прозрачно. Это классическая литовская фамилия с характерным суффиксом -аускас (-auskas), который указывает на происхождение от более древней формы. В Литве такие фамилии часто принадлежали крестьянам или мелким землевладельцам, а сам суффикс — один из самых распространённых в литовской антропонимии, наряду с -ивичюс и -явичюс.

Основа фамилии — личное имя Вайчекас (Vaičekas). Это уменьшительно-ласкательная форма от имени Вайцес (Vaicius) или, что вероятнее, от Вайчюс (Vaičius). В свою очередь, эти имена восходят к корню vai- — «гость» или «пришелец» (сравните с литовским vaišės — «угощение», «гостеприимство»). Таким образом, Вайчекаускас буквально означает «сын (или потомок) маленького гостя» или «принадлежащий Вайчекасу». В дохристианской Литве такие имена давали детям, родившимся во время приезда важного гостя, или же как пожелание гостеприимства.

В русском языковом контексте фамилия могла подвергнуться русификации: окончание -ас часто отбрасывали, превращая её в Вайчекаусков или Вайчекауский. Однако в исходной литовской форме фамилия сохраняет ударение на последнем слоге: Вайчека́ускас. Носители такой фамилии — почти наверняка потомки литовцев, живших на территории исторической Литвы (включая современную Литву, запад Беларуси и часть Польши). Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном, возможно, даже деревенском происхождении в пределах одного или двух уездов.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Вайчекаускас стоит в одном ряду с Вайцекаускас, Вайчюкаускас и более редкими Вайчелис. Все они образованы от одного корня, но разными суффиксами. Разница в том, что Вайчекаускас — это патроним (по отцу), а не топоним (по месту жительства). То есть предок носителя фамилии не владел землёй с таким названием, а просто был сыном человека по имени Вайчекас.