Фамилия Вайцекаускас является литовским вариантом польской фамилии Вайцековский (Войцеховский). По одной из версий, она образована от имени Вайцек, которое является диалектным вариантом польско-чешского имени Войтех (Войцех), что переводится на русский язык как «тот, кто приносит утешение и силу войску». Согласно другой версии, фамилия Вайцекаускас образована от прозвища Войцек (от слова «войт»).