Фамилия Вайчунас — редкий для России пример литовской модели фамилии, укоренившейся на русскоязычной почве. Её основа — личное имя Вайчус, которое является уменьшительной формой от литовского имени Вайдотас или Вайдис. Корень этих имён — «vai-» — восходит к древнелитовскому слову «vajoti», что значит «преследовать», «гнать», а в переносном смысле — «быть настойчивым», «добиваться цели». Таким образом, Вайчус — это «маленький настойчивый» или «тот, кто идёт до конца». Суффикс «-унас» (лит. -ūnas) — типичный для литовских фамилий патронимический показатель, указывающий на принадлежность: Вайчунас буквально означает «сын Вайчуса». В Литве фамилии с таким суффиксом особенно распространены в северных и западных регионах, в частности в Жемайтии. В Россию фамилия могла попасть несколькими путями: либо после присоединения Литвы к Российской империи в конце XVIII века, когда литовские крестьяне получали официальные фамилии, либо в советское время, когда происходила миграция литовцев в другие республики. В русском языке фамилия не склоняется по падежам как мужская, так и женская, что нередко вызывает путаницу: «у Вайчунаса» (о мужчине) и «у Вайчунас» (о женщине) — оба варианта грамматически верны, но первый воспринимается как литуанизированная форма. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, Вайчунас сохранила исходное литовское окончание, что делает её ярким маркером балтийского происхождения.