Фамилия Войчунас — характерный пример литовской модели фамилии, адаптированной к русской среде. Её основа — личное имя или прозвище Войчюс, которое является уменьшительной формой от литовского имени Войцех (лит. Vaitiekus) или от славянского Войтех. В основе лежит корень «вой-», связанный с воинским делом, ратью. Таким образом, первоначальное значение фамилии — «сын (или потомок) Войчюса», то есть маленького воина или человека, носившего имя, прославляющее войско.

Суффикс «-ас» — типичный литовский патронимический показатель, указывающий на принадлежность к роду. В литовском языке фамилии мужского рода часто оканчиваются на -ас, -ис, -ус. В русском обиходе окончание «-ас» закрепилось, но фамилия не получила дополнительного русского суффикса -ов или -ин, что говорит о её относительно позднем оформлении в среде, где литовская традиция именования сохранялась сильнее, чем славянская. Если бы фамилия обрусела раньше, она могла бы звучать как Войчунов или Войчукин.

Географически фамилия тяготеет к западу современной России, особенно к Калининградской области, а также к Литве и Белоруссии. В историческом контексте носители фамилии Войчунас — это, скорее всего, потомки литовских крестьян или мелкой шляхты, которые в XIX — начале XX века переселялись или были переселены в пределы Российской империи, в том числе в ходе аграрных реформ. Встречаются варианты написания Войчюнас, что ближе к литовской орфографии (Voičiūnas), но в русской записи «ю» заменило литовский дифтонг.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения за пределами своего ареала, поэтому её носители часто могут проследить свои корни до конкретных местечек на территории бывшего Великого княжества Литовского. Это не «кабинетная» фамилия, придуманная чиновниками, а живая родовая метка, сохранившая звучание литовской речи.