Фамилия Вайдотас — редкий для России пример литовской фамилии, сохранившейся в почти неизменной форме. Её основа — личное мужское имя Вайдотас (Vaidotas), которое в Литве встречается и сегодня. Имя это, в свою очередь, образовано от литовского корня vaid- со значением «видеть», «ведать», «знать». В древнелитовской антропонимике такие имена часто давались с пожеланием мудрости, прозорливости или в честь языческих жрецов-вайделоток (хранителей священного огня), хотя прямая связь с этим титулом необязательна.

В русском языковом окружении фамилия Вайдотас не получила типичных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это говорит о том, что её носитель или его ближайшие предки, скорее всего, переселились из Литвы или западных районов Беларуси уже с готовой фамилией, а не получили её от русских писцов в XVIII–XIX веках. В литовской традиции фамилии на -ас, -ис, -ус — мужские, и они не склоняются по падежам в русском языке, что часто создаёт путаницу.

Сословного происхождения у фамилии нет: её могли носить как крестьяне-жемайты, так и мелкая шляхта (в Великом княжестве Литовском многие литовские и жемайтские бояре имели подобные одноосновные фамилии). Поскольку имя Вайдотас не было широко распространено, фамилия остаётся штучной. Встретить её можно в основном среди потомков литовских переселенцев, а также в записях XIX века по Ковенской и Виленской губерниям. Если вы носите эту фамилию, велика вероятность, что ваши предки вплоть до конца XIX века говорили по-литовски и перешли на русский или польский язык уже в городской среде.