Фамилия Вайдо с большой вероятностью связана с профессией или ремеслом. В её основе лежит слово «вайда» — так называли растение семейства крестоцветных, из которого в старину добывали синюю краску (индиго). Человек, получивший прозвище Вайда, мог заниматься окраской тканей или кожи. Впрочем, у слова «вайда» было и другое значение — «верша» (рыболовная снасть). Это указывает на то, что предок мог быть рыбаком.

Менее распространённая версия связывает фамилию с топонимом Вайда — городом в немецкой земле Тюрингия. В таком случае Вайдо — это указание на выходца из этого города. Однако для русской фамильной традиции более естественно объяснение через прозвище по роду занятий, тем более что нарицательное «вайда» активно употреблялось в народной речи.

Фамилия образована с помощью суффикса -о, который в данной модели указывает на принадлежность: Вайдо — тот, кто происходит от Вайды (сын или потомок человека по прозвищу Вайда). Такая словообразовательная схема встречается реже, чем типичные русские фамилии на -ов или -ин, что делает фамилию Вайдо заметной и нестандартной.