Фамилия Вайдонская образована от прозвища Вайдон. По одной из версий, оно ведет свое начало от нарицательного «вайда» - «ванда, верша», «род растений семьи крестоцветных (вайда заменяет кубовую краску, индиго). Вероятно, прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность основателя фамилии: он мог быть рыбаком или мастером по окраске тканей, кожи и т.п. Согласно другой гипотезе, прозвище восходит к топониму Вайда — город в Германии, в земля Тюрингия. В таком случае предок Вайдонских мог быть уроженцем или жителем этого населенного пункта. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Вайдон, со временем получил фамилию Вайдонская.