Фамилия Вайдонова — женская форма, мужской вариант — Вайдонов. Она явно нерусская по происхождению, и её разбор требует осторожности: на первый взгляд кажется, что перед нами типичная русская модель с суффиксом -ов, но основа указывает на иные корни.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища или имени Вайдон. Самая вероятная версия — тюркское или монгольское происхождение. В тюркских языках «вайд» или «байд» может означать «богатство», «изобилие» (ср. монгольское «баян» — богатый). Суффикс -он в таком случае — уменьшительная или принадлежная форма. То есть Вайдон — «богатенький», «сынок богача» или просто прозвище зажиточного человека. Менее вероятна, но возможна связь с арабским словом «вайд» (в значении «находка», «дар»), но это потребовало бы длительного бытования в тюркской среде.

Встречаемость фамилии в России крайне низкая. Если обратиться к географии, то Вайдоновы — это, скорее всего, потомки народов Поволжья (татары, башкиры) или Сибири, где тюркские и монгольские имена переходили в фамилии через русскую административную систему. В XIX веке при переписях инородцам часто давали фамилии по имени отца с добавлением русского суффикса -ов. Так Вайдон и стал Вайдоновым.

Есть и другая, более спорная гипотеза: что фамилия — вариант немецкой Weydon или Weiden (от «Weide» — ива, пастбище). Но русское окончание -ова здесь выглядит чужеродным — немцы в России чаще получали фамилии на -ов от русифицированных форм, а не от чисто немецких основ. Поэтому тюркская версия убедительнее.

Если ваши предки были Вайдоновыми, ищите их в метрических книгах Казанской, Оренбургской или Томской губерний — там фамилия могла закрепиться у крещёных татар или башкир. В любом случае, это редкая фамилия, сохранившая в основе прозвище, которое когда-то характеризовало человека по достатку или происхождению.