Фамилия Вайдуков образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Вайдуков, то есть сын или потомок человека по прозвищу Вайдук. Основа фамилии — слово «вайдук», которое в русских говорах имеет несколько значений, и разобраться в них стоит внимательнее.

Самая вероятная версия связывает Вайдука с диалектным глаголом «вайдать» или «вайдануть» — ударить, стукнуть, хлестнуть. В таком случае Вайдук — это прозвище драчуна, задиры или человека с резкими, порывистыми движениями. Подобные прозвища по характеру или повадкам давали часто и охотно, и они легко закреплялись в качестве фамилий. Менее распространённая, но тоже возможная версия — от названия растения вайда (синяя краска, которой красили ткани). Если предок занимался окрашиванием или выращиванием вайды, его могли прозвать Вайдой, а уже от этой основы образовать Вайдук — как вариант прозвища по ремеслу. Однако такая цепочка менее типична для русской антропонимии: обычно от названий растений образуются фамилии с суффиксом -ин (Вайдин) или -ов (Вайдов), а не с редким -ук.

Суффикс -ук в основе Вайдук — характерная черта западнорусских и украинских говоров, где он выполняет уменьшительную или прозвищную функцию. Это наводит на мысль, что фамилия могла возникнуть на юго-западе России или в Беларуси, а затем распространиться на север и восток. В современных документах Вайдуковы встречаются в разных регионах, но заметная концентрация носителей — в Курской и Белгородской областях, что подтверждает южное происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Вайдов, Вайдин, Вайдухин — показывает, что Вайдуков стоит особняком: у него нет параллелей с другими продуктивными суффиксами (например, -ев или -ин), что говорит о том, что прозвище Вайдук было самодостаточным и не усекалось. В словарях русских фамилий (например, в работе Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается, что неудивительно: она редкая и локальная. Её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где прозвища передавались по наследству без сословных усложнений.