Фамилия Вайтуков — редкий случай, когда суффикс -ук- (в форме -ук-ов) указывает не на украинское, а на балтийское происхождение. В русском ономастиконе фамилии на -уков обычно отталкиваются от прозвищ или профессий, но здесь основа — литовское личное имя Vaitkus. Это уменьшительная форма от Vaitiekus, местного варианта имени Войтех (Адальберт), которое через польское посредство распространилось в Великом княжестве Литовском. Так что Вайтуков в буквальном смысле означает «потомок Вайткуса».

Фамилия бытует на стыке культур: в белорусском Полесье, на Смоленщине и в западных районах Брянской области. Именно там литовские имена активно входили в восточнославянскую среду, обрастая русскими патронимическими суффиксами. Если предки Вайтукова жили в этих краях, скорее всего, они были крестьянами или мещанами, получившими фамилию в XIX веке при массовом закреплении родовых прозваний. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет, что подтверждает её простонародное происхождение.

Интересная деталь: первоначальное ударение в литовской основе падало на первый слог — Вáйткус, но в русской адаптации оно сместилось на последний слог: Вайтукóв. Это типичный признак того, что фамилия прошла через долгую устную передачу, а не была записана с бумаги чиновником. Встречаются варианты написания Войтуков — через «о» под влиянием польской орфографии, но корень тот же.

В отличие от похожих по звучанию Вайтовичей или Войтехов, фамилия Вайтуков сохранила именно уменьшительную форму имени, что говорит о бытовом, а не официальном происхождении прозвища. Предка, скорее всего, звали не полным именем, а по-домашнему — Вайтуком, и это прозвище закрепилось за его детьми.