Фамилия Вайтюкова — женская форма фамилии Вайтюков. В русской традиции такие фамилии редки, и их происхождение почти всегда указывает на нерусские корни, чаще всего на западнославянское или балтийское влияние. Основа фамилии — личное имя или прозвище Вайтюк. Это уменьшительная форма от имени Войтех (чешское Vojtěch, польское Wojciech) или от литовского имени Vaitkus (Вайткус). В польском и белорусском языках имя Войтех было очень популярно, а его краткие формы — Войтко, Войтюк, Войтек — легко давали фамилии на -ов/-ев. Суффикс -юк характерен для украинской, белорусской и польской ономастики: он обозначает «сына» или «потомка» (Вайтюк — сын или малый Войта). Добавление русского фамильного суффикса -ов дало форму Вайтюков, что говорит о том, что носители фамилии жили в среде, где русская модель образования фамилий (на -ов) уже наложилась на западнорусскую или литовскую основу.

Само имя Войтех (Wojciech) переводится как «утешитель воинов» (от woj — воин и ciech — утеха, радость). Это имя носил святой Войтех (Адальберт Пражский), один из покровителей Польши и Чехии. Соответственно, прозвище Вайтюк могло означать «маленький Войтех» или «сын Войтеха», но в бытовой речи оно закрепилось за человеком, который либо носил это имя, либо был потомком кого-то по имени Войтех. В белорусских и украинских говорах фамилии с основой Войт- также могли относиться к войту — сельскому старосте или судье. Однако в форме Вайтюков (с ударением, скорее всего, на первый слог: Ва́йтюков) более вероятна связь именно с личным именем, а не с должностью.

Географически фамилия Вайтюкова встречается в основном на западе России, в Брянской, Смоленской, Псковской областях, а также в Беларуси и на Украине. Это зона, где столетиями смешивались восточнославянские, польские и литовские языки и обычаи. В документах XIX века такую фамилию могли записать как Войтюков, Вайтюков или даже Войткевич — в зависимости от того, кто и как фиксировал произношение. Вариант с «а» (Вайтюков) — результат аканья, то есть произношения безударного «о» как «а», что типично для южных и западных русских говоров.

Таким образом, Вайтюкова — это фамилия, которая говорит о том, что предки носительницы были выходцами из западнорусских земель, возможно, имели польские или литовские корни, а их родоначальника звали Войтех (или Вайткус). Фамилия не имеет отношения к русскому слову «война» или «вить», а целиком уходит в ономастику католического и униатского мира, где имя Войтех было одним из самых распространённых.