Фамилия Ваитова — женская форма фамилии Ваитов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он хранит ключ к происхождению. В основе фамилии лежит личное имя Ваит. Это имя — одна из народных, обиходных форм тюркского имени Баит, которое, в свою очередь, восходит к арабскому слову «байт» — «дом, жилище», или к тюркскому «бай» — «богатый, господин». В тюркской ономастике имя Баит (и его варианты Ваит, Байит) было распространено у татар, башкир и других народов Поволжья и Урала.

Суффикс -ов в фамилии Ваитов — классическая русская патронимическая модель, которая в XVI–XIX веках стала стандартом для оформления фамилий в среде крещёных татар и других народов, входивших в состав Российской империи. Это значит, что предок носителя фамилии был сыном человека по имени Ваит: «Ваитов сын» со временем превратилось в фамилию. Окончание -а в женском варианте (Ваитова) — грамматический показатель рода, не несущий дополнительного смыслового значения.

Географически фамилия Ваитов (и Ваитова) чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на корни в среде волго-уральских татар или башкир. В дореволюционных источниках фамилия фиксируется в метрических книгах населённых пунктов Казанской и Уфимской губерний. Сословно предки могли быть как государственными крестьянами, так и представителями торгового или служилого татарского сословия — точных данных без генеалогического поиска нет.

Интересная деталь: начальное «В» в фамилии вместо ожидаемого «Б» — результат фонетических процессов в разговорной речи. В татарском и башкирском языках звук [б] в начале слова перед гласными мог озвончаться или переходить в [в] под влиянием соседних говоров или при адаптации имени в русской среде. Поэтому однокоренные фамилии Баитов и Ваитов — по сути, варианты одной основы, разошедшиеся в написании из-за диалектных различий.