Фамилия Войтюкова — женская форма от Войтюков, и её происхождение напрямую связано с должностью или прозвищем «войт». Войтом в старину называли выборное лицо в сельской общине, управляющего, старосту, а в городах Польши, Литвы и Западной Руси — назначаемого князем или магнатом главу магистрата. Слово пришло из немецкого Vogt (управляющий, наместник), и в белорусских и украинских землях эта должность была широко распространена. Таким образом, основатель рода Войтюковых мог быть либо сам войтом, либо служить у войта, либо получить прозвище за властный характер.

Суффикс -юк- в основе Войтюк указывает на восточнославянское, скорее всего украинское или белорусское, происхождение. Это уменьшительно-патронимический формант, характерный для западных и южных регионов Руси. Войтюк — буквально «маленький войт» или «сын войта», то есть прозвище, перешедшее в фамилию. Присоединение стандартного русского суффикса -ов- (Войтюк-ов) превратило его в типичную для великорусских переписей фамилию: так фиксировали выходцев с запада или тех, кто перешёл под московскую власть.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий Войтов, Войтехов или Войткевич, форма Войтюков встречается реже и несёт отчётливый отпечаток диалектной среды. Если Войтов мог образоваться от прямой формы «войт», то Войтюков — от ласкательно-родственной, что говорит о более тесной, возможно семейной, связи носителя с должностью. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии встречаются среди казацкой старшины и крестьян Черниговщины, Полтавщины и Гродненщины.

Поскольку фамилия заканчивается на -ова, она принадлежит женщине. В мужском варианте Войтюков носитель, скорее всего, потомок человека, которого в своём селе или местечке знали как Войтюка — либо за службу, либо за характер. Сословных ограничений у фамилии нет: войтами могли быть и зажиточные крестьяне, и шляхтичи на западе, поэтому предки могли принадлежать к разным слоям — от выборных старшин до обычных общинников.