Фамилия Войтова — женская форма фамилии Войтов, которая ведет начало от прозвища Войт. В основе лежит слово «войт», заимствованное из немецкого языка (ср. нем. Vogt — управляющий, наместник). В польских, литовских, украинских и белорусских землях войтом называли выборное лицо, которое управляло городским или сельским самоуправлением. В его обязанности входили сбор налогов, контроль за благоустройством, распределение работ и распоряжение собранными суммами.

Таким образом, прозвище Войт относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека. Не исключено, что в отдельных случаях прозвище могло носить иронический характер и даваться человеку, который стремился командовать или проявлял тщеславие, но основная версия — указание на реальную должность предка.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: к основе Войт- добавлен суффикс притяжательности -ов- (Войтов), который затем получил окончание женского рода -а. Такая модель означала «принадлежащий Войту», то есть потомок человека с таким прозвищем или именованием.

В документах фамилия зафиксирована в нескольких регионах. В Книгу памяти Пермской области внесен Войтов Александр Христофорович, родившийся в 1907 году на хуторе Арк Архангельского района Башкирской АССР. В Книге памяти Мурманской области упоминается Войтов Алексей Владимирович (род. 1888) из села Скринниково Михайловского района Центрально-Черноземной области. В Книге памяти Приморского края записан плотник Войтов Афанасий Петрович (род. 1911), проживавший во Владивостоке. Эти записи показывают, что носители фамилии были выходцами из разных губерний и сословий, занимались разными ремеслами.