Фамилия Вайтушко звучит не по-русски, и это первое, что бросается в глаза. Её основа — белорусская или литовская, а суффикс -ко указывает на восточнославянскую почву, скорее всего, на территории современной Беларуси или западных областей России. Суффикс -ко в белорусской традиции — это уменьшительная или фамильярная форма, часто закреплявшаяся за человеком по имени или прозвищу отца.

Корень Вайтуш- восходит к личному имени Вайтус. Это, в свою очередь, вариант христианского имени Виктор или, что вероятнее, форма от литовского Vaitus — народного варианта имени Войтех (лат. Adalbertus), которое было широко распространено в Литве и на белорусско-литовском пограничье. В литовском языке имя Vaitus звучит как уменьшительное от Vaitiekus (Войтех). Таким образом, Вайтушко — это типичный пример патронимической фамилии: «сын Вайтуса» или «маленький Вайтус».

Редкость фамилии в том, что она сохранила литовский корень в белорусской огласовке. В отличие от более частых Войткевичей или Войтехов, форма Вайтушко закрепилась в тех местах, где белорусские говоры смешивались с литовскими, а суффикс -ко указывает на крестьянское или мещанское происхождение — такие фамилии в XV–XVII веках часто давали не шляхте, а простым людям, фиксируя их по отцу без дворянских приставок.

Если искать географию, то Вайтушко чаще всего встречается в Гродненской области Беларуси и прилегающих районах Литвы. В России фамилия редкая и, как правило, указывает на миграцию с запада в XIX–XX веках. Спорных версий здесь немного: корень прозрачен, и основная задача — не перепутать его с фамилией Войтушко (через «о»), которая может быть полонизированным вариантом той же основы. Вайтушко — более архаичная, «белорусская» форма, где гласный «а» отражает акающее произношение.