Фамилия Вайтушенко звучит как типичная восточнославянская, но её основа выбивается из привычного ряда. Суффикс -енко (украинский патронимический, означающий «маленький», «сын») указывает на украинское или белорусское происхождение. А вот корень Вайтуш- — это адаптация личного имени или прозвища, скорее всего, западного или балтийского происхождения.

Самый вероятный источник — литовское имя Vaitušas или Vaitutis. В Литве и на исторических землях Великого княжества Литовского (современная Беларусь, западная Украина) такие имена были распространены. Они, в свою очередь, восходят к литовскому vaitas — «войт», то есть сельский староста, выборный глава общины. Таким образом, Вайтушенко — это «сын Вайтуша», а сам Вайтуш — либо человек по имени Войт, либо прямой потомок того, кто занимал эту должность. Фамилия фиксирует социальный статус предка: он был не просто крестьянином, а лицом, облечённым властью на местном уровне.

Менее вероятна, но возможна версия от польского или белорусского варианта христианского имени Войтех (чеш. Vojtěch, пол. Wojciech). В белорусском языке это имя могло звучать как Вайцях, Вайтук, а уменьшительная форма — Вайтуш. В таком случае фамилия указывает на то, что основатель рода носил имя в честь святого Войтеха, популярного в католическом и униатском мире.

Географически фамилия Вайтушенко тяготеет к Гродненской и Брестской областям Беларуси, а также к Волынской и Ровенской областям Украины — то есть к зоне активного литовско-польского влияния. Важно заметить, что в украинском языке фамилии на -енко массово закрепились в XVI–XVII веках, поэтому время появления этой фамилии — не ранее середины XVI столетия. В отличие от русских фамилий на -ов, которые часто указывали на принадлежность отцу (Иванов сын), украинская модель -енко подчёркивала именно кровное родство: Вайтушенко — прямой наследник Вайтуша.

В написании фамилии возможны варианты через «о» (Войтушенко), но форма с -ай- (Вайтушенко) — более точная передача литовского произношения. Если бы фамилия была чисто польской, она, скорее всего, сохранила бы суффикс -ский (Вайтушевский) или окончание -ич (Вайтушевич). Выбор именно -енко окончательно закрепляет украинскую или западно-белорусскую природу фамилии, несмотря на её иноязычный корень.