Фамилия Войтушко образована по той же модели, что и множество украинских и белорусских фамилий: к основе личного имени добавляется суффикс -ко. В данном случае основа — Войтуш, а -ко указывает на значение «сын Войтуша» или «потомок Войтуша». Такие фамилии на -ко особенно характерны для западноукраинских и южнобелорусских земель, где они нередко заменяли отчества.

Само имя Войтуш — это народная, диалектная форма чешского имени Войтех. Войтех переводится как «утешение войска» или «тот, кто приносит силу и утешение воинам». Имя было популярно у поляков, чехов, а через них — у украинцев и белорусов, особенно в тех регионах, где сказывалось католическое влияние. В православной среде оно встречалось реже, поэтому фамилия Войтушко чаще всего указывает на западнославянские или униатские корни предка.

Примечательно, что суффикс -ко в фамилии Войтушко не просто патронимический, но и уменьшительно-ласкательный: в быту Войтушем могли называть не только сына Войтеха, но и младшего или подчинённого человека. Таким образом, фамилия несёт двойной оттенок — и родства, и некоторой фамильярности, что типично для сельских прозвищных фамилий.

Географически фамилия Войтушко наиболее плотно закреплена на западе Беларуси (Гродненская, Брестская области) и в приграничных районах Украины (Волынь, Ровенщина). В Польше встречается вариант Войтушко, но там он редок — чаще используют форму Войтушек или Войтух.

Родственные фамилии — Войтех, Войтович, Войтух — имеют ту же основу, но иное оформление. Войтушко стоит особняком именно благодаря уменьшительному суффиксу, который в XVI–XVII веках активно использовался при образовании фамилий у крестьян и казаков, тогда как шляхта предпочитала формы на -ович или -ский. Поэтому носитель фамилии Войтушко с большой вероятностью происходит из простого сословия — не из знати, а из свободных крестьян или ремесленников.