Фамилия Вайдурова — редкий случай, когда её форма почти сразу выдаёт нерусское происхождение. Суффикс -ов в женском варианте Вайдурова — это типичный русский патронимический формант, но основа Вайдур в русском языке ничего не значит. Если отбросить суффикс -ов-, останется корень Вайдур, который явно указывает на тюркские или иранские языки. Скорее всего, фамилия образована от личного имени Вайдур (или Вайдура) — в тюркских языках «вай» может означать «горе, беда» или быть частью сложных имён, а «дур» — «стойкий, крепкий». Вместе имя могло означать «стойкий в беде» или «преодолевающий трудности».

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: связь с санскритским словом «вайдурья» — так в древности называли драгоценный камень лазурит или берилл. Через буддийскую и индийскую культуру это слово могло попасть в языки народов Центральной Азии и стать личным именем. В таком случае Вайдурова — это «дочь (или жена) того, кого звали Драгоценным камнем».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались тюркские, финно-угорские и славянские народы. Вероятные очаги — Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, а также южный Урал. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не встречается, что говорит о её позднем закреплении: возможно, она оформилась уже в советское время, когда крестьянским семьям давали фамилии по отцу или деду.

Словообразовательная модель проста: к основе Вайдур добавили русский суффикс -ов-, обозначающий принадлежность («чей?»). Женский вариант Вайдурова — это форма жены или дочери Вайдура. Мужской вариант — Вайдуров. Фамилия не имеет дворянского или купеческого звучания: суффикс -ов в сочетании с нерусской основой типичен для крестьянских и мещанских родов, которые получали фамилии по имени главы семьи.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Вайдуров — более редкая пара к распространённым Вайнер, Вайсман или Вайткус. Но в отличие от них, Вайдурова не имеет явной еврейской или немецкой этимологии. Это стопроцентный гибрид: тюркское имя, обрусевшее через суффикс.