Фамилия Вайндель — редкий для России случай, когда немецкая фамилия попала в русский язык не через привычную «овскую» модель, а сохранила свой баварский и австрийский облик. По сути, это региональный вариант фамилии Вайнель (Weinel), распространённый в южных землях Германии и в Австрии. Разница между Вайнель и Вайндель — в диалектном произношении: в баварских говорах звук «л» перед гласным часто переходил в «д», что и дало форму Weindel, которая в русской записи закрепилась как Вайндель.

Корень фамилии уходит в раннее Средневековье. Основа — личное имя Вино (Wino), которое в те времена было не самостоятельным именем, а краткой формой от целого ряда сложных германских имён. Эти имена строились на двух разных корнях: от древневерхненемецкого wini («друг, приятель») или от wīg («битва, сражение»). Например, имя Винфрид означало «друг мира», а Вигхард — «крепкий в битве». В бытовом общении такие длинные имена сокращали до первого слога или основы, и Вино стало удобным и распространённым вариантом.

Таким образом, фамилия Вайндель, скорее всего, указывала на предка, которого в обиходе звали просто Вино, а уже в документах или устной традиции за ним закрепилось прозвание «из рода Вино» с характерным баварским окончанием. Поскольку фамилия не была дворянской или купеческой в узком смысле, носители её в Австрии и Баварии в XVI–XVIII веках чаще всего были крестьянами, ремесленниками или мелкими торговцами. В Россию фамилия попала, вероятно, с волнами немецких переселенцев при Екатерине II или позже, в XIX веке, когда в Поволжье, на Волыни и в Причерноморье оседали выходцы из южногерманских земель.