Фамилия Вайникке — редкий пример, как финское слово, пройдя через русскую письменность, меняет облик, но сохраняет корни. Это фонетический вариант более распространённой фамилии Вайникка. В основе лежат два финских слова: väinä, то есть «широкая и медленно текущая река», и iikka, что тоже означает «река». Получается, что смысл фамилии — «река рек» или «большая река», что типично для финской топонимики, где названия часто описывают природные объекты.

Написание «Вайникке» вместо «Вайникка» возникло, скорее всего, при записи фамилии в русских документах — так пытались передать долготу или особенности произношения финского гласного. В самой Финляндии фамилия могла выглядеть как Vainikka, а двойное «к» и конечное «е» — это уже адаптация под русскую графику.

Интересно, что в финском языке есть характерный суффикс -лайнен/-ляйнен, который добавляется к основам и означает «похожий на что-то», «принадлежащий к местности» или «происходящий откуда-то». В фамилии Вайникке этого суффикса нет, что отличает её от таких массовых финских фамилий, как, например, Вирталайнен или Ярвиляйнен. Вайникке — более старая или локальная форма, образованная напрямую от корня без топонимического суффикса. Это указывает на то, что предки носителя фамилии могли жить у большой реки и получили прозвище по месту жительства, а не по принадлежности к определённому роду или деревне.