Фамилия Вайникке представляет собой фонетический вариант фамилии Вайникка, которая восходит к двум финским основам: väinä — «широкая и медленно текущая река» и iikka – «река». Также весьма характерным для финских фамилий является элемент –лайнен/–ляйнен: этот суффикс означает «похожий на что-либо, подобный чему-либо» или же «принадлежащий какой-либо народности», «происходящий из какой-либо местности».