Фамилия Вайнилавичуте — редкий пример литовской модели образования, где женский вариант фамилии отличается от мужского окончанием. В данном случае суффикс -ут- и окончание -е указывают на незамужнюю женщину (дочь). Мужская версия фамилии — Вайнилавичюс, а замужняя женщина носила бы форму Вайнилавичене. Такая система характерна для литовской антропонимии, где фамилии жён и дочерей образуются от отцовской основы.

Основа фамилии — прозвище Вайнилавус. Его разбирают на два корня: литовское wainika («первый») и lavus («ловкий» или «смышленый»). Скорее всего, прозвище получил очень сообразительный или ловкий человек — тот, кто был первым в смекалке или проворстве. Встречается также версия, что wainika могло относиться к военному делу (древнее значение — «воин»), тогда Вайнилавус — это «ловкий воин», но это менее вероятно, так как в литовских прозвищах чаще использовали бытовые качества.

Женская форма Вайнилавичуте буквально означает «дочь Вайнилавичюса». Фамилия могла закрепиться в тех регионах Литвы, где была распространена модель на -utė (Жемайтия, Аукштайтия). В современной Литве фамилия встречается редко, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, от одного рода, который не дал массовых разветвлений.